Den första bebyggelsen i Enköping anses vuxit fram genom att handelsmän varit tvungna att lasta om sitt gods på denna plats för vidare transport. Det blev snart en handelsplats där handelsmän möttes och därigenom började vissa att även bosätta sig här. Men det är enbart en teori då det inte finns tillräckliga vetenskapliga bevis som med säkerhet kan visa på varför människor en gång bosatta sig här. Därmed är det även osäkert när denna handelsplats började växa fram.
Första gången som orten nämns vid namn (i skrift) är någon gång mellan 1164 och 1167. Detta då i ett förlikningsbrev som skrivits av ärkebiskopen. Brevet är inte bara den äldsta bevarade skriftliga källa gällande Enköpings historia utan även Sveriges äldsta bevarade skriftliga källa.
Även gällande när staden fick stadsprivilegier är något osäkert. Det finns ett brev som påvisar dessa privilegier från 1413. Men samtidigt finns det ett dokument som påvisar att ärkebiskopen Jarler nämner att det finns borgare i staden kring 1250. För att det ska kunna finnas borgare måste staden haft någon slags stadsprivilegium. Orsaken att dessa dokument inte återfinns kan bero på att staden eldhärjats och att de i detta fall kan har brunnit upp. År 1389 var den första stadsbranden och sedan var det stadsbränder i Enköping år 1572, 1609 samt 1799.
1500 – Olyckorna
Under slutet av 1500-talet var det två saker som drabbade orten hårt. Först var det pesten som enligt vissa dokument skulle utplånat hela befolkningen i staden. Historiker anser däremot att denna källa inte kan anses vara helt trovärdigt. Men helt klart är det att pesten slog hårt.
Därtill kom den stora stadsbranden 1572. Elden kunde lätt sprida sig eftersom ett flertal av husen hade halm på taken. En stor del av staden brann upp och därtill även Sankt Lilians Kyrka.
1600 & 1700 – Handeln försämras
Även 1600-talet hade en hel del negativ utveckling för Enköping. Handeln minskade och detta inte minst gällande järnprodukter från området Bergslagen. Att staden ännu en gång eldhärjades (1609) gjorde inte saken bättre även om kungen valde att stödja flottstationen efter branden för att gynna handeln något. Genom landhöjningar hade bredden och djupet minskat på stadsviken vilket resulterade i att skeppen inte kunde ta sig fram till Enköping. Förutsättningarna för handeln minskade alltså rejält.
För att möta upp detta problem byggdes en lång brygga vid Haga Slott. Men det gjorde att handeln även försvann från staden ytterligare och centraliserades kring slottet. Under 1600-talet arbetade även Gustav II Adolf på att skapa en ny led för järnprodukterna och få dessa transporterade via Västerås.
Århundrades avslutades med en stadsbrand (1799). En brand som förstörde stora delar av stadens bebyggelse och stora värden gick upp i rök. Som ett resultat av detta valde man sedan att göra en säkrare stadsplanering och många hus byggdes av lera. Ett av de hus som byggdes upp 1799 är det som idag heter Anno 1799 och är ett av de hotell i Enköping som erbjuder historiska inslag.